Arkeoloji dünyasında ayrı bir önemi bulunan Yumuktepe Höyük (Neolithik dönemden günümüze kadar kesintisiz yerleşim görmüştür.) kent merkezinin yaklaşık 1 km. kadar kuzeyindeki Demirtaş mahallesinde yer almaktadır. 1936 yılında John Garstang ve ekibinin burada yaptıkları ilk incelemeler sırasında höyüğün batı bölümünde, derenin tahrip ettiği kesitlerde Neolithik aletler bulduktan sonra kazı yapmaya karar vermiştir. 1939 yılında ara verilen kazı çalışmaları 1946-1947 yıllarında tamamlanmıştır.
Höyük üzerinde teraslar açılarak yapılan ağaçlandırma çalışmaları nedeniyle bütün kazı alanlarını ve tabakaları yok eden bir uygulama gerçekleştirilmiştir. Daha sonra dere kenarına ve Soğuksu kaynağına açılan derin su sondajları ve höyüğün üzerine depo yapımı kalıntı ve tabakaları bir kez daha yok etmiştir. 1968 yılındaki sel felaketinde Müftü Deresi’nin taşkını su sondajlarını ve Yumuktepe Höyüğü’nün batı bölümünü de alıp götürmüştür.
Daha sonra devam eden tahriplerde, höyük üzeri düzeltilerek 1,5-2 m. ‘lik İslami dönemi içeren tabaka yok edilerek buraya park ve gazino inşa edilmiştir. Höyükten çıkan taşlarla tuvalet, merdiven ve depo yapılmıştır.
45 yıl aradan sonra 1993 yılında, Kültür Bakanlığı ve İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Veli Sevin başkanlığında yeniden başlatılan kazı çalışmalarına Roma Üniversitesinden Dr. Isabella Caneva’da katılmıştır. Garstang’ın tespit ettiği 33 tabaka’nın gerçekte iki katı olabileceği tespit edilmiştir. Daha çok Prehistorik yerleşmeleri ile tanınan Yumuktepe’nin her ne kadar İslami tabakaları park yapımı sırasında tahrip olsa da, Ortaçağ’da en az üç yapı katı halinde, surlarla güçlendirilmiş önemli bir merkez olduğu ortaya çıkmıştır. Arkeobotanik analizler ise zeytinin ana vatanının bu bölge olduğu, üzümün ise daha geç dönemde geldiği gibi ilginç bulgular vermiştir. Kazı buluntuları Mersin Müzesi’nde sergilenmektedir.
